XIX век стал свидетелем драматического изменения в судьбе Абхазии с приходом Российской империи. Между 1801 и 1810 годами аннексия Россией крупных грузинских царств, таких как Картли-Кахетия и Имеретия, проложила путь для их экспансии на юг, на Кавказ. Поворотным моментом стала Русско-турецкая война (1806-1812 гг.). В 1810 году русские войска захватили стратегический форт Сухум-кале (современный Сухуми) и поставили на престол пророссийского князя Сефер-бея (Георги). Это положило начало включению Абхазии в сферу влияния России, хотя первоначально в качестве вассального княжества.
Однако установление контроля оказалось медленным и трудным процессом. Первоначально российская власть ограничивалась районом Сухум-кале и долиной реки Бзыбь. Большая часть Абхазии оставалась под властью проосманской мусульманской знати, что свидетельствует о сложном политическом ландшафте региона.
Последующие десятилетия были отмечены серией конфликтов. Россия столкнулась с Османской империей и яростно независимыми северокавказскими племенами. Путем серии частичных приобретений между 1829 и 1842 годами Россия постепенно получила контроль над всей территорией Абхазии. Однако настоящая консолидация власти произошла лишь в 1864 году. В этом году была упразднена местная княжеская власть, а последний абхазский князь Михаил Шервашидзе (Чачба) был сослан в Россию.
Эта насильственная консолидация власти имела разрушительные последствия для абхазского народа. Два крупных восстания вспыхнули в 1866 и 1877 годах, вызванные высокими налогами и османской интервенцией соответственно. Жесткая реакция российского правительства, включая обвинения в массовых убийствах, спровоцировала массовый исход. Многие абхазы-мусульмане решили стать мухаджирами, мигрировав на территории Османской империи в период с 1866 по 1878 год. По оценкам, около 60% абхазского населения покинули свою родину в этот период, при этом надежность данных о численности населения на тот момент была предметом споров.
В результате исхода огромные территории Абхазии обезлюдели. Чтобы заполнить образовавшийся вакуум, российское правительство активно поощряло переселение армян, грузин, русских и других лиц. Этот демографический сдвиг оказал длительное влияние на этнический состав региона. Грузинские историки указывают на давнее грузинское присутствие в Абхазии, восходящее к Колхидскому царству. Перепись 1897 года, похоже, подтвердила это утверждение: абхазы составляли 60-65% населения Сухумского района (примерно эквивалентно современной Абхазии), а грузины составляли оставшееся большинство. Однако расхождения существуют. Издание Британской энциклопедии 1911 года рисует иную картину, предполагая наличие мегрельского грузинского большинства на две трети и одной трети абхазского меньшинства в Сухумском районе, с оговоркой, что его границы отличались от границ современной Абхазии.
Оставшиеся абхазы столкнулись с дальнейшими проблемами. Тех, кто не принял христианство, российское правительство объявило «беженцами», лишив права селиться в прибрежных районах. Эта политика вызвала недовольство и еще больше обострила отношения между абхазами и растущим грузинским населением.
Несмотря на беспорядки, в XIX веке под властью России произошли и некоторые позитивные события. Реформа крепостного права 1870 года освободила связанных крестьян, в том числе рабов, в Абхазии, открыв путь к скромному росту капитализма. Товарные культуры, такие как табак и чай, приобрели известность, наряду с развитием отраслей, ориентированных на уголь и древесину. Возникновение курортов и превращение Гагры в популярный туристический центр под покровительством немецкого принца еще больше диверсифицировали экономику региона.
Однако политические разногласия углублялись по этническому признаку. Абхазы в целом оставались верными царю во время революции 1905 года, тогда как грузины были склонны выступать против российского правления. Эта лояльность была вознаграждена в 1907 году официальным помилованием царя Николая II, устранив статус абхазов как «виновного народа», введенный после восстаний XIX века. Этот эпизод еще больше укрепил недоверие и напряженность между абхазской и грузинской общинами, фактор, который будет иметь глубокие последствия после грядущей русской революции.
