მე-19 საუკუნეში რუსეთის იმპერიის მოსვლასთან ერთად აფხაზეთის ბედი დრამატულად შეიცვალა. 1801-1810 წლებში რუსეთის მიერ ქართლ-კახეთისა და იმერეთის მსგავსი ქართული სამეფოების ანექსიამ გზა გაუხსნა მათ სამხრეთით კავკასიაში ექსპანსიას. რუსეთ-თურქეთის ომი (1806-1812) გარდამტეხი აღმოჩნდა. 1810 წელს რუსმა ჯარებმა აიღეს სტრატეგიული ციხე-სიმაგრე სუჰუმ-კალეს (თანამედროვე სოხუმი) და დააყენეს პრორუსი თავადი სეფერ ბეი (გეორგი). ამით დაიწყო აფხაზეთის შეერთება რუსეთის გავლენის სფეროში, თუმცა თავდაპირველად ვასალური სამთავროს სახით.
თუმცა, კონტროლის დამყარება ნელი და რთული პროცესი აღმოჩნდა. რუსეთის ხელისუფლება თავდაპირველად შემოიფარგლებოდა სუჰუმ-კალეს მიდამოებითა და მდინარე ბზიბის ხეობით. აფხაზეთის დიდი ნაწილი დარჩა პრო-ოსმალეთის მაჰმადიანი თავადაზნაურობის ქვეშ, რაც რეგიონის რთული პოლიტიკური ლანდშაფტის დასტურია.
მომდევნო ათწლეულები აღინიშნა კონფლიქტების სერიით. რუსეთი შეეჯახა ოსმალეთის იმპერიას და სასტიკად დამოუკიდებელ ჩრდილოეთ კავკასიურ ტომებს. 1829-1842 წლებში ცალ-ცალკე შესყიდვების შედეგად რუსეთმა თანდათან მოიპოვა კონტროლი აფხაზეთის მთელ ტერიტორიაზე. თუმცა, ძალაუფლების ნამდვილი კონსოლიდაცია 1864 წლამდე მოხდებოდა. ამ წელს მოხდა ადგილობრივი სამთავროს გაუქმება, ბოლო აფხაზი თავადი მიქაელ შერვაშიძე (ჩაჩბა) რუსეთში გადასახლებული იყო.
ხელისუფლების ამ ძლიერმა კონსოლიდაციამ დამანგრეველი შედეგები მოჰყვა აფხაზ ხალხს. ორი ძირითადი აჯანყება დაიწყო 1866 და 1877 წლებში, რაც გამოწვეული იყო მძიმე გადასახადებითა და ოსმალეთის ჩარევით. რუსეთის მთავრობის მკაცრმა პასუხმა, მათ შორის მკვლელობების ბრალდებებმა, გამოიწვია მასობრივი გასახლება. ბევრმა მაჰმადიანმა აფხაზმა აირჩია გამხდარიყო მუჰაჯირები, მიგრაცია ოსმალეთის ტერიტორიებზე 1866-1878 წლებში. შეფასებები ვარაუდობენ, რომ ამ პერიოდში აფხაზეთის მოსახლეობის 601 TP3T-მა დატოვა სამშობლო, იმ დროისთვის მოსახლეობის მონაცემების სანდოობა კამათის საგანი იყო.
გადასახლებამ აფხაზეთის დიდი ნაწილი დასახლებული დატოვა. სიცარიელის შესავსებად რუსეთის მთავრობა აქტიურად უწყობდა ხელს სომხების, ქართველების, რუსების და სხვათა ჩამოსახლებას. ამ დემოგრაფიულმა ცვლილებამ დიდი გავლენა იქონია რეგიონის ეთნიკურ შემადგენლობაზე. ქართველი ისტორიკოსები მიუთითებენ აფხაზეთში ქართული ყოფნის ხანგრძლივ არსებობაზე, რაც მას კოლხეთის სამეფოში აკავშირებს. 1897 წლის აღწერა, როგორც ჩანს, ამ მტკიცებას ადასტურებდა, აფხაზები შეადგენდნენ სოხუმის რაიონის მოსახლეობის 60-651 TP3 ტონას (დაახლოებით დღევანდელი აფხაზეთის ექვივალენტი), ხოლო დარჩენილი უმრავლესობა ქართველები შეადგენდნენ. თუმცა, არსებობს შეუსაბამობები. ენციკლოპედია ბრიტანიკას 1911 წლის გამოცემა განსხვავებულ სურათს გვთავაზობს, რომელიც ვარაუდობს მეგრელ ქართულ უმრავლესობის ორ მესამედს და სოხუმის რაიონში აფხაზთა ერთი მესამედის უმცირესობას, იმ გაფრთხილებით, რომ მისი საზღვრები განსხვავდებოდა დღევანდელი აფხაზეთის საზღვრებისგან.
დარჩენილ აფხაზებს შემდგომი გამოწვევები შეექმნათ. მათ, ვინც არ მიიღეს ქრისტიანობა, რუსეთის მთავრობამ „ლტოლვილ მოსახლეობას“ უწოდა, რომელსაც უარი ეთქვა სანაპირო რაიონებში დასახლების უფლებაზე. ამ პოლიტიკამ გამოიწვია უკმაყოფილება და კიდევ უფრო დაძაბა ურთიერთობა აფხაზებსა და მზარდ ქართულ მოსახლეობას შორის.
მიუხედავად არეულობისა, მე-19 საუკუნეში ასევე მოხდა გარკვეული დადებითი მოვლენები რუსეთის მმართველობის დროს. 1870 წლის ბატონობის რეფორმებმა გაათავისუფლა შეკრული გლეხები, მათ შორის მონები, აფხაზეთში, რამაც გზა გაუხსნა კაპიტალიზმის მოკრძალებულ ზრდას. ნაღდი კულტურები, როგორიცაა თამბაქო და ჩაი, დიდი პოპულარობით სარგებლობდა ნახშირსა და ხე-ტყეზე ორიენტირებული ინდუსტრიების განვითარებასთან ერთად. კურორტების აღმავლობამ და გაგრის პოპულარულ ტურისტულ ადგილად გერმანელი პრინცის პატრონაჟით გადაქცევამ რეგიონის ეკონომიკა კიდევ უფრო გამრავალფეროვნა.
თუმცა, პოლიტიკური განხეთქილება ეთნიკური ხაზით გაღრმავდა. 1905 წლის რევოლუციის დროს აფხაზები ძირითადად მეფის ერთგულები იყვნენ, ხოლო ქართველები რუსეთის მმართველობას ეწინააღმდეგებოდნენ. ეს ერთგულება 1907 წელს დაჯილდოვდა ცარ ნიკოლოზ II-ის მიერ ოფიციალური შეწყალების გამო, რომელიც მოხსნა აფხაზური აღნიშვნა, როგორც „დამნაშავე ხალხი“, რომელიც დაწესდა მე-19 საუკუნეში მათი აჯანყებების შემდეგ. ამ ეპიზოდმა კიდევ უფრო გააძლიერა უნდობლობა და დაძაბულობა აფხაზურ და ქართულ თემებს შორის, ფაქტორს, რომელსაც სერიოზული შედეგები მოჰყვება მომავალი რუსეთის რევოლუციის შემდეგ.
