მე-16 საუკუნეში აფხაზეთის თხრობა დრამატულ ვითარებას იღებს. როდესაც ოსმალეთის იმპერიამ სამხედრო კუნთი გააძლიერა, რეგიონი იმდროინდელი ძალაუფლების ბრძოლებში ჩაერთო. 1570-იან წლებში ოსმალეთის საზღვაო ფლოტმა დაიპყრო აფხაზეთის ზღვისპირა ციხე-სიმაგრე ცხუმი და გადააქცია იგი სუჰუმ-კალეს საშინელ დასაყრდენად (სახელი, რომელიც ეხმიანება თანამედროვე ქალაქ სოხუმს). ამით დაიწყო ოსმალეთის გავლენის ხანგრძლივი პერიოდი, რომელიც სამუდამო კვალს დატოვებდა აფხაზეთზე.
მანამდე, 1555 წელს, ოსმალეთმა და მათმა მეტოქეებმა, სეფიანმა სპარსელებმა, საქართველო და სამხრეთ კავკასია გაანაწილეს, რის გამოც აფხაზეთი, დასავლეთ საქართველოსთან ერთად, ოსმალეთის სფეროში მყარად დარჩა. შედეგად, აფხაზეთი სულ უფრო მეტად იწევდა თურქეთისა და ისლამის ორბიტაში. ამ თანდათანობითმა ცვლილებამ გაანადგურა კულტურული და რელიგიური კავშირები, რომლებიც ადრე აკავშირებდა აფხაზეთს დანარჩენ საქართველოსთან.
საბჭოთა ისტორიკოსებმა ოსმალეთის მმართველობის ბნელი სურათი დახატეს, როგორც კულტურული და რელიგიური ჩახშობის პერიოდი. ისინი აცხადებდნენ, რომ ოსმალეთი მიზნად ისახავდა აფხაზეთის უნიკალური იდენტობის მოსპობას, მოსახლეობის იძულებით გამაჰმადიანებას. საბჭოთა გადმოცემის თანახმად, ამან გამოიწვია მრავალი აჯანყება მე-18 საუკუნის განმავლობაში, აფხაზები აჯანყდნენ ოსმალეთის კონტროლის წინააღმდეგ 1725, 1728, 1733, 1771 და 1806 წლებში.
თუმცა, ისტორიული სურათი, სავარაუდოდ, უფრო ნიუანსია. მიუხედავად იმისა, რომ ოსმალეთის გავლენა უდავოდ გაიზარდა ამ პერიოდში, აფხაზეთის სამთავრომ შეინარჩუნა გარკვეული ავტონომია ადგილობრივი მმართველების ქვეშ. შერვაშიძეთა დინასტია, მაგალითად, განაგრძობდა ბატონობას აფხაზეთზე.
მე-17 საუკუნის ბოლოს აფხაზეთის შიგნით ფრაგმენტაციის პერიოდი იყო. სამთავრო დაიშალა რამდენიმე ფეოდად, რამაც გამოიწვია ცენტრალიზებული ხელისუფლების დაშლა ბევრ სფეროში. ამ ძალაუფლების ვაკუუმმა შექმნა ნაყოფიერი ნიადაგი ორი ბოროტი საქმიანობისთვის - ფართოდ გავრცელებული მონებით ვაჭრობა და მეკობრეობა. ზოგიერთი ქართველი მეცნიერი ამტკიცებს, რომ ამ პერიოდში ჩრდილოეთ კავკასიის მთებიდან ადიღეური გვარების შემოდინებაც მოხდა. ეს მიგრანტები გაერთიანდნენ ადგილობრივ მოსახლეობასთან, რამაც მნიშვნელოვნად შეცვალა აფხაზეთის დემოგრაფიული შემადგენლობა.
XVIII საუკუნის შუა ხანებმა ოსმალეთის კონტროლის წინააღმდეგ აფხაზების განახლებული წინააღმდეგობა გამოიწვია. აჯანყებამ კულმინაციას მიაღწია ოსმალებისგან სუჰუმ-კალეს აღებით. თუმცა, მათი გამარჯვება ხანმოკლე იყო. თურქებმა სწრაფად დაიბრუნეს ციხეზე კონტროლი და სტრატეგიულად დაუბრუნეს ის ერთგულ უფლისწულს შერვაშიძეების ოჯახიდან, რაც უზრუნველყოფდა ოსმალეთის გავლენის გაგრძელებას რეგიონში.
აფხაზეთსა და ოსმალეთს შორის არსებული რთული ურთიერთობა ორ საუკუნეზე მეტი ხნის განმავლობაში რეგიონის ბედს აყალიბებდა. შემდეგი სექციები შეისწავლის რუსეთის გავლენის ზრდას, დაძაბულობის ესკალაციას ორ იმპერიას შორის და საბოლოო ბრძოლას დამოუკიდებლობისთვის, რომელიც განსაზღვრავს აფხაზეთის გზას მე-19 და მე-20 საუკუნეებში.
